為了保證藥用塑料瓶生產環境微生物限度維持適當的水平，并處于受控狀態，除保持空調系統的良好運行狀態，對設施進行良好維護外，潔凈室內人員應嚴格遵守良好的行為規范，并定期進行環境監控，減少人員干預比檢測更有效。
其次是通過有效控制人員和物品的移動，適當的控制溫度和濕度。微生物控制措施還包括良好的清潔和衛生處理，應定期對藥品潔凈實驗室進行清潔和消毒，應當檢測消毒劑和清潔劑的微生物污染狀況，并在規定的有效期內使用，A/B級潔凈區應當使用無菌的或經無菌處理的消毒劑和清潔劑。
所采用的的化學消毒劑應經過驗證或有證據表明其消毒效果，其種類應當多于一種，并定期進行更換以防止產生耐受菌株。不得用紫外線消毒代替化學消毒。必要時，可采用熏蒸等適宜的方法降低潔凈區的衛生死角的微生物污染，并對熏蒸劑的殘留水平進行驗證。
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